Die systematische Überwachung der rheinland-pfälzischen Stehgewässer begann 1981 durch das damalige Landesamt für Wasserwirtschaft. Heute werden rund 140 Stehgewässer an etwa 250 Einzelmessstellen physikalisch-chemisch und teilweise auch biologisch untersucht. Auch die rund 70 offiziell ausgewiesenen Badegewässer sind in dem Überwachungsprogramm enthalten.

Als Grundmessprogramm werden an den einzelnen Messstellen im Frühjahr in verschiedenen Wassertiefen Proben zur Bestimmung der Hauptwasserinhaltsstoffe (darunter Stickstoffverbindungen, Phosphate) entnommen, um die Belastungssituation der einzelnen Seen zu ermitteln. Die Häufigkeit dieser Kontrollen schwankt – je nach der Gütesituation des betreffenden Gewässers – zwischen jährlich und einmal in zehn Jahren. Dieses Routinemessprogramm dient einerseits dazu, Grundlagendaten für Entscheidungen bereitzuhalten, und andererseits dem frühzeitigen Erkennen negativer Entwicklungstendenzen. Hierdurch können Missstände aufgezeigt und behoben werden, bevor sie zu einer deutlichen Verschlechterung der Gewässergüte führen.

Die 12 rheinland-pfälzischen Seen, die aufgrund ihrer Wasserfläche von mehr als 50 Hektar der europäischen Wasserrahmenrichtlinie unterliegen, werden über das physikalisch-chemische Routinemessprogramm hinaus auch biologisch untersucht.

Die rund 70 Seen, die der europäischen Badegewässerrichtlinie unterliegen, werden über das physikalisch-chemische Routinemessprogramm hinaus während der Badesaison regelmäßig auf ein gesundheitliches Gefährdungspotenzial für Badegäste hin untersucht. Hierzu zählen unter anderem erhöhte Keimzahlen (Escherichia Coli und Intestinale Enterokokken) sowie Massenvorkommen von gesundheitsschädlichen Blaualgenarten.