Da jedes Gebiet unterschiedlich ausgestattet ist und unterschiedliche Zielprioritäten gelten, muss die Biotopbetreuung verschiedenste Maßnahmen zusammen mit den betroffenen Behörden und Nutzern abstimmen und organisieren. Vielfach wird angenommen, dass es auf naturschutzwürdigen Flächen ausreicht, wenn sie sich selbst überlassen bleiben. Dies trifft jedoch nur auf einen Teil der dort vorhandenen Biotope zu. Viele unserer schützenswerten Biotope sind erst durch menschliche Bewirtschaftung entstanden, z.B. Orchideenwiesen, blütenreiche Halbtrockenrasen oder Steillagen-Weinberge mit Trockenmauern. Sie sind Zeugen unserer Kulturlandschaft und prägen in hohem Maße das Landschaftsbild. Artenreiche Wiesen beispielsweise können nur durch eine naturschonende Nutzung erhalten werden. Wenn die Nutzung aufgegeben wird, verbrachen und verbuschen sie nach wenigen Jahren. Die naturschutzgerechte Nutzung beinhaltet neben der Mahd auch die Beweidung, z.B. extensiv mittels Mutterkuhhaltung oder Schaftrift, sowie spezielle Beweidungsprojekte (in Abstimmung auch mit anderen Trägern) mit Ziegen, Schafen, Pferden und anderen Nutztieren. Biotoptypen, die nicht auf Nutzungen angewiesen sind, z.B. Zwischenmoore oder Quellbäche, werden oft durch Stoffeinträge oder Entwässerung beeinträchtigt. Als Gegenmaßnahme ist in Mooren beispielsweise ein Wasseranstau notwendig oder aufwachsende Gehölze müssen entfernt werden. Diese Maßnahmen werden in enger Zusammenarbeit mit den Betroffenen umgesetzt, u.a. mit der Forstwirtschaft und Wasserwirtschaft. Der Erhalt von Biotopen auf extremeren Standorten – zu nass, zu steil, zu felsig - oder auch aus der Nutzung genommene stark verbuschte Biotope, kann zum Teil recht aufwendig werden. Hier können Spezialgeräte wie Mähraupen, Schredder, freischneiden per Hand, Einsatz von Pferden zum bodenschonenden Holzrücken etc. erforderlich werden.
